«بر اثر صحبت هائی که ایشان در کلاس یا بیرون از آن راجع به مسائل سیاسی و رژیم شاه با ما میکرد، خود من به تنهایی بیست عدد قاب عکس شاه را از کلاس پائین کشیدم و به بیرون از دبیرستان انتقال داده و از بین بردم. هر بار مسؤلین مدرسه با دلهره قاب عکس دیگری را به جای قاب عکس سرقت شده قبلی نصب کردند تا مورد مؤاخذه ساواک قرار نگیرند.»
روح ناآرام و انقلابی شهید رجائی در سال های اول ورود به دانش سرای عالی و پس از آن عضویت در نهضت آزادی، با گروهجها و سازمانهایی که علاوه بر مشی فرهنگی، خط مشی مسلحانه داشتند پیوندی مستمر داشت. در دوران دانش سرای عالی و پس از آن، با محمد حنیف نژاد که در آن موقع دانشجوی دانشکده کشاورزی کرج بود آشنا شد که این آشنایی با حضور در جلسات سخنرانی وی که در دفتر نهضت تشکیل میشد ادامه یافت. شهید رجائی در بازجوئی های خود دراین باره از گردشهای علمی و تفریحی انجمن اسلامی دانشجویان و برقراری نماز عید فطر که در آن مهندس بازرگان سخنرانی میکرد سخن به میان آورده است.
ارتباط شهید محمدعلی رجایی با حنیف نژاد و پس از آن سایر کادر مرکزی سازمان مجاهدین خلق نظیر برادران رضایی(احمد مهدی رضا) در جهت تقویت مشی مسلحانه سازمان تا بدانجا پیش رفت که کادر مرکزی از منزل او به عنوان یکی از نقاط امن استفاده میکردند که این امر در اعترافات بهرام آرام و منیژه اشرف زاده به خوبی اشاره شده است.
با دستگیری، محاکمه و تیرباران کادر مرکزی سازمان مجاهدین خلق، شهید رجائی احساس کرد سازمان به تدریج از مشی اولیه بنیان گذاران آن منحرف میشود.
«یکبار در حال مطالعه جزوه درون گروهی سازمان رو به من کرد و گفت اینجها برای اولین بار است که عبارت بسم الله الرحمن الرحیم را حذف کردهاند و این نمیتواند تصادفی باشد.»
وی پس از مشاهده علائم انحراف و التقاط به خصوص یکبار که احساس کرد زن و مردی که به خانه او پناه آورده و شب را در یک اطاق سپری کردهاند، با هم نامحرم بوده اند راه خود را از آنان جدا نمود. این تغییر موضع پس از دستگیری و زندان شهید رجایی باعث شد اعضاء و هواداران وابسته به سازمان شدیدترین موضع ها و اهانت ها را نسبت به وی اتخاذ کنند و با بیشرمی تمام وی را فالانژ، عامل رژیم شاه! و … معرفی نمایند.
از ویژگی های منحصر به فرد شهید رجائی که در سرتاسر دوران درخشان مبارزه سیاسی او تا قبل از زندان دیده میشود آن است که وی هیچگاه مبارزه و فعالیت سیاسی خود را منحصر به همکاری یک گروه و سازمان و یا نهضت نکرد.
وی در همان حالی که با نهضت آزادی همکاری میکرد با کادر اولیه سازمان مجاهدین خلق که برخلاف نهضت آزادی،مشی مخفی مسلحانه داشتند نیز روابط گسترده ای داشت و با برخورداری از روابط گذشته با هیئتهای مؤتلفه و برخی از اقشار متدین بازار در جهت جذب کمک های مالی که امر مبارزه شدیداً بدان نیازمند بود، تلاش میکرد.
