شهید گرانقدر محمدعلی رجایی در سال ۱۳۱۲ هجری شمسی در خانواده ای متدین در شهرستان قزوین چشم به جهان گشود.
پدر بزرگوار او مرحوم کربلائی عبدالصمد در بازار به شغل علاقبندی(تکمه فروشی و وسایل خرازی) روزگار میگذرانید و از اعضای ثابت انجمن منتظرین امام زمان(ع) قزوین به شمار میرفت. کربلائی عبدالصمد با همیاری دوستان دیگر بازاری خود که عموماً از افراد متدین و متعهد بودند با پرداخت مبالغ مختصری به دوام جلسات و بقای این انجمن کمک میکردند .
نقش این انجمن در دورانی که روسها در قزوین حضور داشتند و افکار غیر مذهبی و مارکسیستی خود را در بین جوانان ترویج مینمودند در جهت مصونیت از آسیب پذیری جوانان قزوین بسیار حساس بود. مرحوم کربلائی عبدالصمد در چنان مرحله ای از تدین قرار داشت که رژیم پهلوی(اول) را رژیمی غاصب و معامله با مأموران دولت پهلوی را حرام میدانست مثلاً اگر ناچار میشد جنسی را به مأمور دولت بفروشد وجه آن را با بقیه پول های خود مخلوط نمیکرد بلکه در جایی مستقل نگه میداشت تا در مصارفی مانند پرداخت عوارض و مالیات… آن را به خود دولت برگرداند.
مادر شهید رجایی زنی پاکدامن و متدین بود که در بین اعضای فامیل از شخصیت و احترام خاصی برخوردار بود. پس از درگذشت شوهر در سال ۱۳۱۶ دامان پاک و پرمهر این بانوی فداکار کانون تربیت شهید رجائی گردید.
شهید محمدعلی رجایی پس از مرگ پدر آنگونه که در خاطرات خود گفته است، با نظارت دائی و مساعدت برادر بزرگ خود دوران حساس طفولیت را سپری کرد. از همان آغاز با علاقه و استعدادی که از خود نشان میداد به همراه برادر بزرگ خود در جلسات و هیئت های مذهبی عزاداری نوجوانان محلی که در آن زندگی میکرد، شرکت می کرد. در ایام عزاداری سالار شهیدان بارها دیده میشد این نوجوان کم سن و سال با جثه لاغر و ضعیفی که داشت در پیشاپیش صفوف نمازگزاران میایستد و به مردمی که به خوبی پدر او را می شناختند خطاب میکند که مردم من محمد یتیم هستم و پس از آنکه حال و هوای مجلس را دگرگون میکرد دفترچه کوچک نوحه خود را در میآورد و برای مردم نوحه میخواند.
از همان آغاز خصوصیات منحصر بفردی که در او دیده میشد، شخصیتی قابل توجه را در اذهان برای وی در آینده ترسیم مینمود.
فوت پدر، خانواده را دچار تنگی و سختی معیشت کرد تا جای که محمدعلی که دوران تحصیل ابتدایی خود را در دبستان ملی فرهنگ میگذرانید ناچار شد در این دوره بجای اینکه مانند سایر همسن و سال های خود به بازی ها و سرگرمی های دوران کودکی بپردازد، در مغازه یکی از بستگان نزدیک خود در بازار قزوین ضمن تحصیل به کار مشغول شود، که این امر تا پایان دوره تحصیلات ابتدایی او ادامه داشت.
محمدحسین، برادر بزرگ شهید رجائی از دوران شاگردی برادر خود در بازار قزوین خاطره عجیبی دارد که حاکی از ظهور تدریجی ابعاد برجسته شخصیت شهید رجائی است، وی می گوید:
«صاحب مغازهای که برادرم شاگردی او را میکرد به دلیل کمی سن و یتیم بودن وی، گاهی با او رفتاری از روی ترحم داشت اما محمدعلی که نمیخواست با او رفتار ترحم آمیزی بشود، این رفتارها را نمیپسندید و عکس العمل نشان میداد.»
گاهی هم که از برخی اعضای فامیل چنین رفتاری را میدید به اعتراض میگفت:
من میدانم چون پدرم را از دست داده و یتیم هستم این برخوردها را با من میکنید.»
دوران نوجوانی و جوانی شهید محمدعلی رجایی آکنده از نکات جالب است. به رغم آنکه محیط رشد وی یک محیط مذهبی بود اما در میان هم سن و سال های او رفتار ناپسند شیوع فراوان داشت و محمدعلی جدا از آنکه در هیچ یک از اعمال و رفتار ناپسند همسالان خود مشارکت نکرد، بلکه تلاش نمود با فراهم کردن وسایل ورزش باستانی، توجه آنها را به ورزش معطوف نماید.
اوقات فراغت او به درس و مطالعه میگذشت، به نحوی که اهتمام او به مطالعه دروس زبانزد اعضای فامیل بود. بارها دیده میشد در محافل گرم و صمیمی خانوادگی کتاب درسی خود را میگشود و بیاعتنا به حوادث اطراف خود که معمولاً برای یک نوجوان جذاب است، مشغول مطالعه یا انجام تکالیف درسی خود میگردید.
شهید محمدعلی رجایی برخی دیگر از اوقات فراغت خود را به زیارت امامزاده شاهزاده حسین و دیگر بقاع متبرکه قزوین اختصاص میداد. وی با درآمد مختصری که از بازار بدست میآورد در روزهای جمعه دوچرخه ای کرایه میکرد و با هم سن سال های خویشاوند خود از صبح تا بعدازظهر به تفریح و زیارت میپرداخت.
از عادت خوب او در این دوران آن بود که روزهای جمعه بر تربت پدر و برادرش که در نزدیکی شاهزاده حسین مدفون شده اند حاضر میشد و فاتحه میخواند و برای آنها طلب آمرزش و رحمت میکرد.
در این دوران مادر شهید رجایی با فداکاری هر چه تمامتر فرزندان خود را تربیت میکرد. شهید رجایی از این دوران و فداکاری مادرش چنین گفته است:
«مادرم با تلاش و کوشش و حفظ شدید حیثیت خانوادگی در بین همه فامیل، ما را با یک وضع آبرومندانه ای اداره میکرد و برای اداره زندگیمان به کارهای خانگی که آن موقع معمول بود نظیر شکستن و هسته کردن بادام و گردو و فندق و از این قبیل کارها میپرداخت.تنها دارایی قابل ملاحظه ما یک منزل کوچک بود که زیرزمینی داشت . مادرم با تلاش پیگیر در آن زیرزمین اقدام به پاک کردن پنبه و هسته کردن بادام و گردو و … می نمود و زندگیمان را به طرز آبرومندانه ای اداره میکرد. اغلب اوقات سرانگشتانش ترک داشت وقتی علت آن را میپرسیدند اظهار میکرد در اثر شستن ظروف و لباس و کارهای منزل چنین شده است.»