محمد منتظری، از آغاز جنبش امام خمینی در دهه ۱۳۴۰ کوشا و پرتلاش بود.
او که خود به خواندن کتاب‌های سیاسی علاقه‌مند بود،
در قم چندین کتابخانه سیاسی سیار در مدرسه فیضیه، مدرسه دارالشفاء، مدرسه عبدالرحیم‌خان معروف به خان و مدرسه حجتیه برپا داشت تا طلبه‌ها از آن بهره برند.
هم‌زمان با اوج‌گیری جنبش آیت‌الله خمینی در ۱۵ خرداد ۱۳۴۲ علیه حکومت پهلوی،
فعالیت‌های جهادی خود را آغاز کرد و تا پایان زندگی به پشتیبانی از ولایت فقیه ادامه داد.
نخستین بار، هنگام دستگیری روح‌الله خمینی در پی اعتراض به قانون اعطای مصونیت قضایی به مستشاران نظامی آمریکا یا همان کاپیتولاسیون، در چهارم آبان ۱۳۴۳ دستگیر شد
پس از هفت ماه، از زندان آزاد شد.
در دیماه ۱۳۴۳ که هم‌زمان با ماه رمضان بود، بار دیگر به علت شعار دادن به هواداری از روح‌الله خمینی بازداشت گردید.
به دنبال ادامه مبارزه، دوباره در اردیبهشت ماه ۱۳۴۴، بازداشت و به زندان قزل‌قلعه در کوی امیرآباد تهران فرستاده شد.
محمد منتظری در آغاز فروردین ۱۳۴۵، برای تأیید اعلامیه‌های آیت‌الله خمینی به امضاء گرفتن از علمای دینی علیه حکومت محمدرضا شاه پهلوی، و پخش اعلامیه‌ها همت گماشت.
با پیگیری ساواک، او در اول مرداد ۱۳۴۵ در حرم حضرت معصومه (س) دستگیر گردید.
محمد منتظری پیرو مکتب امام خمینی بود؛
در بازجوییها دربارهٔ انقلاب و مردم آشکارا گفته بود:
« مقلد امام خمینی هستم، نظرم، نظر آیت الله خمینی است. »
در شهریور ۱۳۴۵، محمد منتظری را از زندان قزل‌قلعه به زندان شماره چهار قصر تهران منتقل کردند.
وی در زندان با روحانیونی مانند محمود طالقانی و عبدالرحیم ربانی شیرازی هم‌بند بود.
در یادداشتهایی بجا مانده از او به بحث‌های خود با بیژن جزنی و برخی از سران حزب توده ایران در زندان اشاره می‌کند و نتیجه می‌گیرد که آنها :
« فی قُلوبهم مرض » هستند.
محمد منتظری ، در پایان دی ۱۳۴۷ به شرط نرفتن به شهر مذهبی قم، از زندان آزاد شد؛
التزامی که از آن سرپیچید!
در تابستان ۱۳۴۸ به تدریس درس حکومت اسلامی می‌پرداخت و طی سال‌های ۱۳۴۹ تا ۱۳۵۰ اقتصاد اسلامی را درس می‌داد.
دست نوشته‌های این درس، در ۱۳۵۶، ابتدا در خارج از ایران و پس از آن، در ایران به صورت جزوه، چاپ و پخش گردیدند.
محمد منتظری در سال ۱۳۴۸ با صدور اعلامیه‌هایی به کنسرسیوم نفتی اعتراض کرد که منجر به، جلوگیری از خروج او از کشور شد.
محمد منتظری در ۱۳۵۰ فعالیت‌های خود را شدت بخشید.
ساواک که دریافته بود که وی با برخی از مبارز‌ان سر و سری دارد، بر آن بود تا پس از شناسایی همه آنها، او را دستگیر کند.
( « ان الله یحب الذین یقاتلون فی سبیله الله کانهم بنیان مرصوص »
خدا آن مؤمنانی که در صف جهاد با کافران مانند سد آهنین و پایدارند بسیار دوست دارد.
پروردگارا تو را سپاس که شهادت را قسمت من کردی،
خداوندا این شهادت را از من قبول فرما و به این وسیله گناهان مرا پاک گردان زیرا طاقت عذاب تو را ندارم.
ای کفار، ای یزیدیان، ای منافقین بدانید و آگاه باشید که ما از شهادت باکی نداریم
زیرا شهادت میلاد سرخ ماست، گمان نکنید که ما را بکشید این ملت می ترسند و ساکت می شوند
این خیال باطل را از سرتان بیرون کنید زیرا امام ما می گوید:
« بکشید ما را ملت ما بیدار تر می شود.» . . . )
