اوکه فرزندی آزاده از سلاله ی سرفرازان و سروران تاریخ انسان بود و همچون پدران بزرگوارش فوران خون سیادت در رگهاهی پاکش خروش عدالت درحاشیه ی گسترده کویر،به خانه علم تقوی وتعهد،در سال ۱۳۴۹ قمری چشم به جهان گشود .
سال های کودکی رادر حال وهوای روحانی زادگاهش قم بسر آورد و به تحصیلات ابتدایی پرداخت علاقه مفرطش به اسلام و جامعه ی روحانیت و راهنمایی های پدر بزرگوارش سبب گردید تا بعد از اتمام دوره ابتدایی به جرگه ی روحانیون حوزه قم بپیوندد.
علوم مقدماتی را نزدکار آزمودگان حوزه فرا گرفت و دوره ی سطح را در محضر درس اساتیدی چون آیت الله صدوقی، آیت الله سلطانی ،آیت الله حاج شیخ محمد جواداصفهانی آموخت ،و در ۲۱سالگی به حوزه درس خارج فقه مرحوم آیت الله العظمی بروجردی را گشود و خارج اصول رادر محضر پدر بزرگوارش تلمذ کرد.
همراه با فراگیری خارج اصول به درس مرحوم آیت الله محقق داماد نیز حاضر شد واسفار رادر خدمت علامه طباطبایی وعلامه سیدابوالحسن قزوینی به پایان برد .
شهید آیت الله حاج سید مصطفی خمینی به یمن استعداد شگرف واندیشه ی ژرف و پشتکار درعلوم معقول وفلسفله کلام از برجستگان حوزه برآمد وجامع معقول و منقول گردید .
اوچنان در فهم درس ، و پیمودن راههای کمال مستعد وهوشمند بود که بعد از آنکه منظوم? حکمت رانزد استادی آموخت بلافاصله به تدریس آن درحوزه مشغول گردید .
باچنین روشی هنوز به سی سالگی نرسیده بود که به مرتبه اجتهاد بر آمد و۱۰سال درنجف ، خارج اصول تدریس کرد .
هماهنگ با تدریس به تألیف کتاب هایی در زمینه های مختلف همت گماشت که از آن جمله می توان یک دوره کامل (بیع) در ۱۰مجلد ، کتابی در مباحث اجاره ، که در یورش مأموران ساواک به خانه ی او ، همراه با ۳۰۰۰ کتاب دیگر خطی به یغما رفت . کتابی در مبحث نکاح وحاشیه ای برکتاب عرو?الوثقی مرحوم سید محمد کاظم یزدی و تحقیقاتی در اصول که از ابتدای اصول تا مبحث استحصاب تعلیقی ،دنباله گیری شده است و در تفسیر بیش از چهار هزار صفحه که به اتمام نرسیده است را می توان نام برد.
شهید آیت الله حاج سید مصطفی خمینی در کنار پدر گرامیش نخستین حرکت های ضد ستم و ضدجور را علیه دستگاه جابر غاصب تجربه کرد.
اوکه دست پرورده پدری بود که چون قله های سرافرازکوهساران به دفاع از حرمت انسان ، سینه ی مردانه را دلاورانه سپر طوفانهای سهمناک و خانمانسوز بی صفتان ملحد ضد اسلام ساخته بود و حصاری متین در هنگامه ی بی یاوری ها و تنهایی ها بگرد مدینه فاضله ای حوزه اش و روحانیش وشاگردانش و ملتش کشیده بود ، لا محاله در کنار این سد مقاوم واین جو متلاطم ضد ظلم واین انسان پاک باخته ی خداخواه ،مقاوم وخروشنده و طوفنده و بالید و کمر همت برای اعتلای کلمه ی توحید واستیلای احکام الهی برهمه شیون جامعه به میان بست.
درهمه سالهائی که درپس پشت داریم ،هروقت وهرجا که نشان اعتراضی ،حرکت شجاعانه ای مراقبت دائمی رااز امام امت می بینیم ، اوراهم در کنار پدر واستاد روحانیش مشاهده می کنیم.
این شاخه مقاوم از آن شجره ی طیبه علوی که خون حسین (ع) در رگهای جوانش موج داشت همیشه با استحکا می بارز و کلامی شاخص در هجوم حوادث سراپا مانده بود و دل عاشق و آرزومندش را به سویدای فردای بهتری که از راه می رسیدند دوخته بود .
کم کم این شاخه هماره سبز، خود سترون شد در خاک معرفت پا گرفت و ریشه دواند ودیگر درختی سرافراز شد که پایی به خاک وپنجه هائی گسترده وفراگیر به جانب افلاک داشت .
درحادثه سال۴۱ در کنارامام به ریشه ستم حمله برد ، برای انجام نیروهای پراکنده و تشکل حرکت و تحرک نیروهای اصیل زحماتی فوق تحمل یک انسان را به شانه های جوانش خرید ودرسال ۴۳ دریورشی دیگراز سوی سرسپردگان تباهی و فساد دربار به شهادت دومین فرزند خردسال رسید ،هر چند که برابروی مردانه اش خم نیاورد ،وکلاف سر درگم حادثه نتواست دامن صبر را برباید .
دراین حمله وحشیانه امام به ترکیه تبعید شد واو را که دلی از سوگ پدرتفته داشت ولی با صبری مقدادوار، برتری پوشالی دشمن را با دستهائی در زنجیر به سخره گرفته بود به زندان بردند .
کمتر از سه ماه نگذشت که رژیم در برابر فشار افکار عمومی نتوانست او را در حصار خویش داشته باشد ، آزادش ساخت و در حین ورودش به حوزه تظاهرات بزرگی بر پاشد که دوباره مزدوران آمریکائی او را دستگیر وبه ترکیه تبعیدش کردند .
و شهید آیت الله حاج سید مصطفی خمینی به پدر و راهنما و مرداش پیوست از این دوباره او در کنار پدر رسیدگی کارها پرداخت .
در همه ی سال هائی که در کنار پدر در تبعید بود ،یک لحظه از راهی که در پیش گرفته بود غافل نماند ، با آنکه از مدرسین مبارز حوزه ی علمیه نجف بود و مشکلات تدریس و آموزش نیروهای جوان روحانیت خود به دقت و فراغتی نیازمند است ، او سر ساخته در جبهه فرهنگی وسیاسی فعال باثی ماند ،با مسافرتهایش به لبنان ،سوریه و… با ملاقاتش با فرزندان تبعید شده ی این آب وخاک وربط فکری وحرکتی نیروهای پراکنده ،در تنظیم ملاقت های پدر وانتشار بیانیه ها واعلامیه هاو… یک لحظه بیکار نماند.
با همه وجودش ،با تمامی امکاناتش ،با کلیت خلقتش ، با روحی که ازدرد می سوخت واز عشق و ایثار چراغ دلها ی مرده را می افروخت به خدمت پدر و اسلام نشست ، می گفت ، می نوشت ، می خواند ، می آموخت ، می شناخت ، می شنا سا ند ، می فهمید ومی فهماند ، می رسید ومی رساند ، با یاوریش و با همدلی به سوختگان و آوارگان … تسلی می بخشید وروحیه می داد… .
چون طلبه های دیگر،درنهایت سادگی روزگارمی گذارند،مواجب یک طلبه رااز پدرمیگرفت ،
پدر بیشتر هم نمی داد،هر چند او هم هرگز بیشتر نگرفت ،در خانه ای اجاره ای ،بر فرشی ساده،
با خانواده اش روزگاررا پشت سرمی نهاد این چنین او که ازابتدای حیات درمتن جامعه روحانیت
به حرکت انسان ووظایف این بار امانت بدوش گرفته می اندیشید ،درسال ۱۳۹۷ به صبح یکشنبه
نهم ذیقعده بعد از ملاقات با گروهی که خود رااز مخالفان رژیم طاغوت معرفی کرده بودند به پایان زندگانی سراسر حرکت وپویائی وتعهد خود رسید .روحش شاد وراهش پررهروباد .
